El bando republicano se percató a medida que iba transcurriendo la contienda de la necesidad de crear un verdadero sistema de espionaje que hiciera frente a su rival del bando nacional. La diversidad de grupos políticos e ideológicos que componían el gobierno de la República en plena guerra civil, no favorecía la unidad de toma de decisiones y mucho menos de la unidad en la acción.
Tras los graves incidentes de mayo de 1937 en Barcelona que enfrentaron comunistas y anarquistas provocando la caída del presidente del gobierno Largo caballero, su ministro de defensa el socialista Indalecio Prieto, consideró llegada la hora de crear un servicio de espionaje que protegiese a la República contra sus enemigos internos y contra los sublevados.
El 9 de agosto de ese mismo año se publica el decreto por el que se crea el Servicio de Investigación Militar (SIM). Sus objetivos: Combatir el espionaje, impedir los actos de sabotaje, realizar funciones de investigación y vigilancia cerca de todas las fuerzas armadas dependientes del Ministerio de Defensa Nacional.
Desde el comienzo fueron muchas las dificultades con las que se encontró Indalecio Prieto, pues aunque formalmente él ejercía el control sobre este servicio nombrado su director, las injerencias externas dieron al traste con su objetivo de poner en marcha un servicio eficiente de acuerdo con los principios que inspiraban el ideario republicano.
Las principales injerencias procedían del agente soviético Alexander Orlov, jefe de los servicios secretos de Stalin, el NKVD en España. Orlov intentaba, frente a la oposición de Prieto, imponer los dictámenes del Stalin en el devenir, no sólo de este servicio de espionaje, sino de la estrategia a seguir en la guerra. Los enfrentamientos fueron muchos y graves. Finalmente, Orlov se impuso y el SIM se hizo famoso por sus métodos crueles y por hacer tanto daño a los suyos como al enemigo sublevado.
Al extrapolar miméticamente los procedimientos de terror utilizados en la Unión Soviética, Orlov generó en las propias filas republicanas un pánico a ser detenidos o simplemente caer bajo su punto de mira. Cierto es que el servicio de espionaje franquista estaba causando muchos problemas en la retaguardia republicana y ello hacía necesario un esfuerzo muy importante en materia de contrainsurgencia por parte del SIM.
El general Líster hizo varias referencias a la necesidad de cortar de raíz las iniciativas de los espías franquistas pues estaban causando un grave daño a la moral de la población. Esa necesidad se tradujo en una crueldad gratuita que presidía las actuaciones del SIM incluso con los defensores de la República. Caso significativo fue el del líder del POUM Andreu Nin, quien fue torturado en un proceso abierto contra él.
El SIM era una de las dos piezas fundamentales de la República para garantizar su seguridad. La otra cara de la moneda la constituía El Tribunal de Espionaje y Alta Traición. Este tribunal era el encargado de juzgar los delitos relacionados con cualquier desafectación a la causa republicana. Dejaban al margen los delitos que podríamos calificar como comunes que seguían juzgando los tribunales ordinarios.
No obstante, el SIM se reveló también eficaz en la lucha contra los integrantes del espionaje franquista. En este sentido detuvieron a un gran número de personas que bien de forma individual o bien integradas en organizaciones, más o menos dirigidas por el servicio de espionaje franquista a modo de “Quinta Columna,” estaban causando un grave daño a la causa republicana. En este sentido desarticularon varios grupos importantes como el que existía en el servicio de Guerra Química del Ejército del Centro o el de María Paz Martínez Unciti, en Madrid, que con sólo 19 años formó un grupo de espionaje hasta que fue detenida.
Como todos los servicios de espionaje, el SIM tiene sus claroscuros. Fue eficaz en la lucha contra el enemigo exterior pero, fue brutal sin necesidad en sus métodos, que eran foráneos y que en nada contribuyeron al sosiego del gobierno republicano. Indalecio Prieto rechazó una y otra vez la barbarie de Orlov y sus agentes.